ようやく工場から脱出できる・・と思った矢先に現れたハイゼンベルク。ついに自らイーサンを始末しに現れる。
全身にスクラップをまとっていき、最終的に巨大な機械の異形と化したハイゼンベルク（今作はドナ以外どうして揃いも揃って巨大な怪物に変貌してしまうんだろう・・）は両手に装着した電気ノコギリでイーサンを再び工場の地下へと突き落としてしまう。
地上から下水溝まではかなりの高さがある。普通なら無事では済まないこんな高さからの落下もイーサンは落ちてもずぶ濡れ程度・すぐに下水から這い上がってしまう恐るべきタフマン
広大で長い道のりをかけてやっと地上まで上がってきたのに一瞬で工場の奥底へ落とされて振り出しに戻されるイーサン。その心境は察するに余り得る
せっかく地上まで上がってこれたと思った矢先に再び工場の地下深くへと突き落とされて怒り心頭のイーサン。
下水溝近くにあるダクトを通ってジャンクヤードへとたどり着き、瓦礫の隙間を通り抜けていくとここで思わぬ人物に出くわすことになる。
そう、３度目の再会となるクリスその人であった。事件に首を突っ込むなと釘を刺すクリス。しかし目の前で妻を殺されるのを見ていたイーサンは「ミアを殺したクソ野郎！」と怒りを露わにする。
しかしクリスの返答は意外なものであった。彼が射殺したのはミアではなく、ミアに化けていたミランダであり、殺した直後にイーサンとローズを保護して移送するつもりだった。しかしミアの死体に擬態していたミランダは死んでおらず、トドメを刺すために出向いていたことを話すクリス。
だが、事情を知らないイーサンからすれば最愛の妻を目の前で殺した人物としか思えない彼は信じられず「ならなぜすぐ言わなかった！」と詰め寄る（まぁ当然だよね）
クリスの言葉をすぐには信じられないイーサン。彼の心境を思えば当然の反応である。 余談だが、この真実を知らされてなぜそのことをすぐに自分に知らせてくれなかったと問うシーンは中華一番のチョウユとリエンを思い出した（事情はまるで違うけれど）
実の所今作のクリスは決して悪堕ちなどしておらず、一連の行動はあくまでもイーサンとローズを守るため、そして必要以上に何も語らなかったのはイーサンを事件に巻き込まないがためにとった彼なりの配慮だったのである。
しかしそれが結果的にイーサンにあらぬ誤解を招いてしまった上に本格的に事件に巻き込まれてしまうことになってしまい、彼の配慮はまたも裏目に出てしまったのである。
そう、かつて自身の妹クレアを危険に巻き込みたくがないために何も知らせずに旅立ってしまった時と同じように。
プロデューサーが今回のクリスの行動について「これまでのシリーズ中のクリスの行動を振り返って欲しい」というコメントの意義はもしかしたらこのことを示唆していたのではと私的には捉えてる。
「なんで俺達がこんな目に遭うんだ・・」というイーサンの悲痛な訴えにこれ以上隠し通すことは出来ないと判断したクリスはようやく自身の行動と目的を話すことに。
イーサンの言葉が響いたのかようやく事情を話してくれたクリス。一歩間違えればすれ違いで敵対しかける所だったかもしれない
ローズを救出するためにジャンクヤードで密かに改造・整備していたポリマー式自走砲（対ハイゼンベルク用にクリスが作り出したもので、砲台はハイゼンベルクお手製のもの。イーサンが来なかったらクリスがこれでハイゼンベルクと戦う予定だった模様）をイーサンに託し、自身は工場に爆弾を仕掛けて後に地上で落ち合う約束を交わすことになる。
オープニングから続いていたわだかまりもようやく解消され、二人は和解することが出来たのである。
自走砲に乗り込む前にセーブとエレベーター前右側に回復薬と木箱があるのでそれを回収。
クリスが残していってくれたんだろうか？ありがたく頂いておこう。尤も次のボス戦では使用できないのだが・・
自走砲に乗り込んでエレベーターに乗ったら自動的に地上へと移動。地上のドアは主砲を発射することで破壊出来る。そのまま外に出るとハイゼンベルクと戦闘になるので、その前に主砲がリロードされるまで待ち、３か所ある鉄塔を破壊しておくと良い（移動の妨げになりかねない）
対ハイゼンベルク戦
「お前の死体も俺の軍団に加えてやるよ」
４貴族最後の一人ハイゼンベルクとの決戦。
これまでの戦闘とは異なり、最初はクリスに託された自走砲を操縦して戦うことになる。機銃は弾数無限で切れ目なく連射可能で他作品のようにオーバーヒートもしない優れもの。
主砲は破壊力絶大でハイゼンベルクを必ず怯ませることが出来るほか、ハイゼンベルクがばら撒いた鉄板も破壊することが出来る（まぁ鉄板は壊さない方がいいが）代わりに一発撃つごとにリロードするためのクールタイムが起こるため連発は出来ない。主にハイゼンベルクの攻撃を阻止するために使用していく（無理に弱点にヒットさせなくてもいい）
注意点としては回復アイテムや他の武器の使用が一切不可。つまり被弾して耐久力が減っても回復することが出来ず、強力な武器でゴリ押すことも出来ない。純粋に実力勝負を強いられることになる。
高難易度だとこの点がかなり響いてくる。数回攻撃を受ければ自走砲は破壊されてしまい、ゲームオーバーになってしまうので一発でも直撃すれば一気に不利になるシビアな戦いを強いられることになる。
弱点は両腕の肩部と腹部に付いているオレンジ色に光っているコアで、ここを攻撃していくと爆散し怯るませることが出来る。一度壊したコアは３か所全て壊すまで再生しない。３か所コアを破壊されると再びコアが再生して再び狙い撃てるようになる。
攻撃手段はゆっくり前進してから左右の電ノコで切り裂いてきたり、腕を垂直に立たせてチャージした後に一気に突っ込んでくる・右手の電ノコを突き出して突進してきたりする。
各攻撃の対処法としては
右電ノコ攻撃（以下右手）
・移動で避けるのはほぼ不可能（状況によっては避けられる場合もあるらしいが、未確認。基本避けられないものと思っていい）主砲で攻撃を阻止するのが無難。
左肩か腹部のコアを壊さない程度に撃って耐久力を減らしておき、右手が来たら撃ってすぐに怯ませられるようにしておくと尚良い。
攻撃を阻止出来ない時は最悪ガードで凌ぐこと。高難易度だと一発でも食らったら一気に苦しくなるので出来る限りガードは最後の手段としたい
左電ノコ攻撃（以下左手）
・右手と同じような攻撃だが、実はハイゼンベルクの右手側に回り込むことで回避することが可能。避ける時は引きつけてかわすというよりむしろハイゼンベルクの右手側に突っ込んで素早く潜り込みつつ左へ旋回するような感じ。少しでも回り込むのが遅れるとダメで慣れないうちは結構シビアで失敗することも多い。
主砲を構えている時はスムーズに移動出来ないので、ガードモーションを取ってキャンセルすること。左手を上手くかわしていけるかどうかでハイゼンベルク戦の難易度が大きく変わると言っても過言ではない。これが来たら攻撃の手を止めてでも回避に専念すること。
右手左手攻撃後は時々両腕を上下に振って挑発（威嚇？）することがある。肩のコアの耐久力を減らすチャンス
チャージ突進
・主に後述の鉄板拡散行動後に数回使用してくる。チャージ中は隙だらけなのでとにかくコアに攻撃を集中させて怯ませる。移動で避けるのはほぼ無理なので、怯みが間に合わない時は鉄板を盾にして凌ぐか主砲で怯ませること。上手く怯ませることが出来れば良い攻撃チャンスとなる。
右手突き出し突進
・右手の電ノコで斬り刻みながら突っ込んでくる。これも移動して避けるのは非常に困難で食らうとジワジワと耐久力を削られてしまう。チャージ突進と同じく鉄板を盾にするか主砲で凌ぐ。チャージ突進と異なり、突進してくるまでの猶予が短いのでコアを狙って怯ませる余裕はない
鉄板纏い＆拡散
・一定ダメージを受ける事に使用してくる。自身の周囲に鉄板を纏わせて覆っていき、最後にフィールド上にばら撒いてくる。
ばら撒かれるとイーサンめがけて鉄板が飛んできて位置によっては連続でダメージを受けてしまうほか、複数の鉄板が配置されることで移動を妨げられやすくなってしまう。
発動中は腹部のコアが剥き出しになっており、ここを怯ませることが出来れば拡散を阻止することが出来る。
どちらの場合も鉄板はいくつかフィールド上に設置されることになるが、この鉄板はハイゼンベルクの攻撃でも破壊され、なおかつハイゼンベルクの攻撃を一回だけ凌いでくれる。上手く利用して被弾を少しでも抑えよう。
鉄板の隙間から見える真ん中のコアに狙いを集中して怯ませる。主砲でも阻止出来るが、鉄板に当たってしまうと防がれてしまうので注意。コアを壊せずにいると鉄板がどんどん引き寄せられていき、銃撃が遮られてしまう。阻止出来そうにない時はガードの準備を
鉄板は一回分攻撃を受けてくれる。主砲のリロード中等は上手く利用すべし
スクラップ集結＆巨大スクラップ塊振り回し
・周囲に強力な磁力を発生させてスクラップ破片を集め、巨大な塊にした後それを振り回してくる。
これはコアを破壊して怯ませることが出来れば阻止出来る。チャージしている間は隙だらけで攻撃してくるまでの猶予も長めなので、しっかりコアを集中狙いすればまず阻止出来る。もし阻止出来ずの攻撃されてしまった場合は勝つのがほぼ絶望的になる。どうしても怯ませられそうにない時は主砲を使ってでも阻止すること。
この攻撃だけは確実に阻止すること。阻止出来ないと超広範囲＆特大ダメージでほぼ勝ち目がなくなってしまう
またハイゼンベルクは戦闘中よくしゃべり、各セリフごとに使用してくる攻撃やどこまでダメージを与えたかをある程度判別できる
・右手
「どうだ？」 「観客が俺だけで悪いな」
・左手
「さあ派手に死んで見せてくれ」 「（笑い声）楽しいだろ？」 「来いよ」
・チャージ突進
「まだくたばるなよ？」 「まだまだ足りねぇ」 「もっと、もっとだ！」
・鉄板纏い
「さあ撃ってこい」 「これ最高だろ？」 「その程度か？イーサン」
・右手突き出し突進
「肉入りスクラップにしてやる」
・スクラップ集結
「いいかよ～く見てろよ」 「今のうちに祈っとけ」
残耐久力多
「これが父親の愛の力ってわけか？」
残耐久力中
「さあ、この鋼鉄の肉体ひざまずけ！ まぁこれだけはあのクソ女に感謝しねえとな ヤツに貰った力でヤツを殺す これ以上ない親孝行ってワケだ！（ハハハ）」
残耐久力小
「俺の気持ちがわかるか？ヤツに支配されてきたこの気持ちが 村の連中はどいつもこいつも救えねぇクズだらけだ 俺は自由を求めて闘う戦士だ！ お前の娘の力も手に入れて、俺は最高のパワーを手に入れる！」
。イーサン被弾時＆チャージ突進直後
「シートベルトはしてるかい？」「おい、どうした？」「おい、もう死んでんのか？」「ローズのパパは大丈夫かな？」「死んだも同然だ」「トロ過ぎだろ」
・ハイゼンベルク各コア破壊時
「クソ！」「今のは効いた、ウソじゃねぇ」「ちっ！、おい！」
・ハイゼンベルク鉄板破壊時
「まあいい」
本作の敵キャラは皆戦闘中よくしゃべるが、ハイゼンベルクは特にセリフが多い。
自走砲での戦いはほぼ純粋に実力勝負で救済措置もないため、何度も挑戦して慣れてもらうしかない。
一定ダメージを与えていくと「俺は暇じゃないんでな、イーサン！お遊びは終わりだ」のセリフの直後に強力な磁力を集めてイーサンを自走砲もろとも空中に舞い上げてくる。
このセリフが次形態移行のサイン
この時に主砲を当てることでイベントが発生し、自走砲を破壊され電ノコで殺されかけるも直後に工場が大爆発。自身の築き上げてきたものを目の前で奪われたことでクリスへの怒りを露わにし（この時彼はクリスをゴリラ野郎と呼んでいる）再びイーサンに遅いかかる。今度は生身の状態で戦うことになる。
よほど頭にきたらしく、思わずこう悪態を付いてしまう。ついに本編でもゴリラ呼ばわりされてしまったクリス。・・・いいのか？
自走砲の無い状態での戦いということで一見すると辛そうに見えるが、実はハイゼンベルクに密着することで殆どの攻撃が当たらなくなる。また、グレネード炸裂弾などの爆発物で確実に怯む上にフィールドに配置されている鉄板を盾にすれば攻撃を凌ぐことも容易い（無論鉄板が防いでくれるのは一発分だけ）
ここまで来ればほぼ勝ったも同然で密着してショットガン等を撃ち続けていれば難なく倒せてしまう。
とはいえしっかり密着していないと攻撃が当たってしまう時もあるし、被弾すれば大ダメージを受けることには変わりない。最後まで油断しないように。
相変わらずトーク力の高さに定評がある（のか？）ハイゼンベルク。バイオシリーズでもここまで愉快な敵キャラもそうはいないと思う
ハイゼンベルクの耐久力を０にすると唸り声と共に全身を震わせ、最後のあがきとしてイーサンを再び空中に舞い上げて背中のタービンで引き込んで殺そうとするも一緒に舞い上げられた自走砲の主砲を撃ち込まれ炎上（この際にハイゼンベルク自身がイーサンを突き落とした時に吐いた「ご愁傷様」のセリフを吐いて趣旨返しをした）自身の負けを認められないままミランダへの未練を嘆きつつ爆散。ついに息絶えたのである。
アクション映画等ではよくありがちな趣旨返し。しかし夫人もそうだが、せっかく魅力溢れるキャラに仕上がっているのにゲーム本編ではただのやられ役で終わってしまうのはやっぱり勿体ないと思わずにはいられない
彼の死によって４貴族は全滅。遺骸として結晶化した彼の脳は「ハイゼンベルクの機械脳」としてイーサンの手に渡ることになる（売価は４貴族中最高値の７００００lei！！）
ヴァルコラックアルファの「古牙獣の結晶骨」には及ばないものの、４貴族達の中でもっとも価値の高いハイゼンベルクの遺骸。彼らの遺骸はしっかりと拾ってやるイーサンは何とも感慨深い
ＨＣハイゼンベルク戦
自走砲から降りた直後の戦闘では鉄板の後ろに各種弾薬が落ちているが、ハイゼンベルクを倒してイベントが起こるまで時間がかかるので、その間に回収しに行くと無駄がない。
その後クリスからの連絡を受けている途中で目の前にミアが現れる。が、クリスから真実を聴かされていたイーサンはすぐにミアが偽物であることに気付く。
そしてついにその正体を現した貴族達の長であるマザーミランダ。時折ミアや謎の老婆の姿に変えながら妻が偽物であることを見抜けないことを嘲笑しつつ自身の目的を語り始める。
そう、村で出会った謎の老婆の正体もまたミランダが化けていた仮の姿だったのである。
恐らく村人達の監視とイーサンの実力を試すため・そして用済みになった４貴族達を始末＆分配したフラスクを回収するよう仕向けたのだと思われる。
度々（といっても数回ほどだが）姿を見せていた怪しい老婆の正体もまたミランダであった。筆者は当初この老婆自身がミランダで最初に姿を見せていたミランダは仮の姿だと思っていた。
そしてイーサンの足元から姿を見せたミランダはイーサンの胴体を貫き、心臓を抉り取って殺害し、（規制が緩いバージョンだとはっきりと心臓を手に取っている）死別した自身の愛娘をよみがえらせるために儀式を行いに行く。
ここでまさかの主人公イーサン死亡。普通ならここでゲームオーバーだが・・・本当に彼は死んでしまったのか・・・？
ミランダに心臓を抉り取られ息絶えるイーサン（でも素顔はやっぱり見えない）本当にこのまま終わってしまうのか・・？
次回は操作キャラが変わってなんとあのクリスを操作することになる。物語もいよいよ終わりが近づいてきた。
